Il rispetto della farmacopea e delle  GMP  comportano la necessità di sviluppare procedure e modalità operative specifiche. Il settore farmaceutico e parafamaceutico riassumono la maggior parte delle problematiche tipiche anche di altri settori come la gestione per lotto e la necessità di operare in ambienti sterili e a temperatura controllata oltre a problematiche specifiche connesse in modo particolare alla produzione di vaccini e antivirali.

Le particolari condizioni operative e la specificità dei processi produttivi comportano inoltre una notevole complessità nella determinazione dei costi dei prodotti.